我国正处在社会经济转型时期，国家财力有限，公共财政体制框架尚在完善之中，因此，公共财政覆盖农村也是一个渐进的过程。在这个过程中有以下几个问题需要认真考虑。
（一）持续工业化和城市化
我国正处在全面建设小康社会和工业化、城市化进程不断加快的历史时期。随着工业化、城市化的不断推进，我国城乡资源配置结构、人口分布结构、就业结构、社会结构等不可避免地要发生很大的变化，这是一个客观的必然趋势，也是实现全面建设小康社会战略的必然选择。因此，公共财政覆盖农村必须适应这一趋势，推动工业化、城市化进程。公共财政资源在城乡之间的配置要适当，避免从一个极端走向另一个极端。
（二）公共财政覆盖农村的成本问题
我国现有乡镇3.9万个，行政村69.5万个（注：中国农村经济主要数据1978—2002，国家统计局农村社会经济调查总队，2003），按自然村计算，村数更多。假如依现有乡村布局和人口分布实现公共财政覆盖农村，不仅需要庞大的财政支出，国家财政负担不起，而且组织成本和投入成本都很大。同时，随着城市化水平的提高，一些村庄和乡镇将会合并，假如依现有乡村布局和人口分布实现公共财政覆盖农村还会造成公共财政资源的浪费和配置失效。从日本的“并村运动”和韩国的“新农村运动”实践看，即使在人口密度大于中国的日韩两国，农村人口的相应集中和居住乡村的适当合并，对于公共财政覆盖农村和公共财政资源有效配置也是必要的前提。
（三）城乡差别的客观存在
从我国的实际情况看，缩小发展不平衡的差距，可以说是“全面小康”最重要的内涵之一。但应当强调的是，在一个相当长的历史时期内，我们还不可能消除这种差距。在某种意义上说，这种差距也是城市化的动力之一。党的十六大报告提出的全面建设小康社会的一个目标是，“工农差别、城乡差别和地区差别扩大的趋势逐步得到扭转”。所以，改善农村公共服务，要承认城乡差别的现实，实事求是，量力而行，逐步解决农村公共服务滞后的问题，逐步扭转“三大差别”，而不能强求农村道路、饮水、学校、文体、路灯、垃圾站等公共事务达到与城市一样的标准，这是不切实际和不现实的。
（四）地区间经济发展水平的差异
我国是一个人口大国，是一个地域辽阔的发展中国家，区域之间经济社会发展不平衡客观存在。2002年，我国东南发达地区的人均国内生产总值已超过1400美元，北京、上海等大城市更超过了3000美元，而西部9省区的平均水平还不到600美元。2001年，我国城镇居民家庭人均消费性支出为5309元，而农村居民家庭人均消费性支出仅为1741元。当浙江省上虞市的农民开始考虑农业现代化和农村城市化时，中西部的西平县、三台县和大荔县的农民还在为吃水用水发愁；当上虞市农民开始追求高品位的精神生活时，西平县、三台县和大荔县的农民还在脸朝黄土背朝天，从土里刨食；当上虞市农民生意开始做到国外时，西平县、三台县和大荔县的农民还守望田野，不知道山外是怎样的世界；当上虞市农民家用电器升级换代，轿车、洋楼进入百姓家时，西平县、三台县和大荔县的农民可能连电都用不上或用不起。东部与中西部地区差异是显而易见的，而且这种差异还有进一步扩大的趋势。因此，在制定农村公共服务和小康建设目标和政策时，要承认东部与中西部地区经济发展的差异和不平衡性，在这个基础上，区别对待，分类、合理设计和制定东部、中部和西部地区农村公共服务建设目标、标准等指标，绝不能一刀切。
（五）财政体制和财力格局
分税制规范了中心与地方的分配关系，调动了中心与地方两个积极性，增强了中心财政宏观调控能力。同时，初步建立了较为规范的转移支付体系，中心对地方的转移支付力度逐年加大。但由于分税制财政治理体制在很大程度上保留了计划经济体制下形成的旧的体制因素，财政体制的不完善使得财力分配呈现出以下特点：一是财力逐级上收，中心和省一级财力在整个国家财力中占有很大的比重，这对加强宏观调控和一定时期内国民经济建设是必要的，但县乡财力薄弱，使得由其承担的农村公共产品无法得到保证。二是1994年的分税制是在当时财政收支包干基数的基础上确定的，带有很大的偶然性和随意性，随着时间的推移和经济情况的变化，这些收支基数的不合理性日益突出，地区间财力差异进一步拉大。四川省三台县为2.1亿元，河南省西平县和陕西省大荔县不足1亿元，与浙江省上虞市的财力水平存在较大的差距。因此，现行财力格局决定了不同级次和地区间公共财政的支出能力，客观上也决定了现阶段公共财政覆盖农村的支出主要应由中心财政和省一级财政承担，不同地区公共财政覆盖农村的政策选择也应有所区别。对中西部地区而言，政府财力的状况决定了这些地区农村公共产品供给要量力而行，尤其不能急于求成。
（六）区分轻重缓急，统筹兼顾，突出解决主要矛盾
农村公共产品的有效供给和公共服务的改善，农民生活水平的提高，既有生理意义上的需求，即衣、食、住、行等生存需要得到越来越高程度满足的问题，也有生存需要之上的发展需要得到实现的问题。发展需要不仅包括生理意义上的需求延伸，如健康、休闲等，而且包括社会意义上的需要，如提高文化水平、把握更多社会竞争技能、实现自己的理想抱负等，即“促进人的全面发展”。在我国广大农村，非凡是中西部地区农村，公共产品和公共服务短缺的问题非常严重，不要说实现人的全面发展，就连基本的衣食住行问题也没有完全解决。我国财政经济实力还不雄厚，解决人口和幅员面积占绝大多数的农民问题、农村问题，难度很大，任务十分艰巨。在思想熟悉上，既不能悲观丧气，看不到希望；也不能盲目乐观，幻想一朝一夕就能解决问题。要做好打硬仗、打持久战的思想预备。在策略上，要着眼长远，立足当前，分清缓急，有先有后，统筹兼顾，逐次解决。
（七）政策的系统设计问题
“三农”问题具有全局性、系统性，从国民经济和社会发展的大局看，“三农”是一个非常重要的组成部分，解决“三农”问题需要各方面相互配合；从“三农”自身看，要把解决“三农”问题作为一个整体来考虑。目前涉及农村公共产品和公共服务提供的部门较多，资金渠道、部门支持政策也比较多，但缺乏系统性和整体协调性，资金投入分散现象严重，政策之间相互制约现象也时有发生，在很大程度上影响了公共财政覆盖农村的有效性。因此，需要系统设计农村公共财政政策，整合和优化农村公共财政资源配置，统一领导，统一规划，配套推进，协调发展。